Prowadząc swoją działalność Polskie Towarzystwo Oddział w Toruniu współpracuje z następującymi podmiotami i organizacjami:
 

• Instytut  Badań Gospodarczych  będący głównym partnerem wydawniczym Oddziału, współpracujący z Oddziałem  przy realizacji konferencji oraz projektów naukowych.

• Wydział Nauk Ekonomicznych i Zarządzania Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu stanowiący główne zaplecze intelektualne Oddziału.
• Universidad Pablo de Olavide współpracujący z nami w organizacji konferencji naukowych.
• Brno University of Technology współpracujący z nami w organizacji konferencji naukowych.